Jānis Ciglis no 1992.gada līdz 2000.gadam kā galvenais speciālists strādāja LVM Arheoloģijas nodaļā, bet no 2000.gada ir Latvijas Nacionālā vēstures muzeja Arheoloģijas nodaļas vadītājs. Viņš vadījis veselu virkni arheoloģisko izrakumu: Kubeseles pilskalnā un Krimuldas baznīcā (1991), Krimuldas Priežu kapulaukā (1992), Kārļa kalna pilskalnā (1993), Siguldas viduslaiku pilī (1997; 2000), Ventspils vecpilsētā (2000), Rīgas pilī (1994-1995; 2001-2003; 2008), Veselavas viduslaiku kapsētā (2004), Ropažu viduslaiku pilī (2006).
Jānis Ciglis piedalījies Latvijas Nacionālā vēstures muzeja īstenotajā projektā "Latviešu saknes" (1996. - 2008.), kura ietvaros sarīkotas 9 izstādes Rīgā, Viļņā, Maskavā un muzeja zinātnieku pētījumi apkopoti vairākos izdevumos.
Jānis Ciglis darbojās tādās profesionālajās organizācijās kā Latvijas arheologu biedrība un Valsts Kultūras pieminekļu aizsardzības inspekcijas Arheoloģiskā mantojuma ekspertu padome, bijis VKKF Kultūras mantojuma nozares eksperts (2007-2008).
Ir autors vai sastādītājs izdevumiem "Lībieši senatnē" (2001), "Ludzas Odukalna kapalauka katalogs" (2002), "Latvijas arheoloģiskās senlietas Polijas krātuvēs" (2005), "Johana Karla Bēra kolekcija Britu muzejā" (2012); sastādījis un rediģējis izdevumu "F.Jākobsons. Austrumbaltijas dzelzs laikmeta pētījumi" (1999). Jānis Ciglis ir daudzu rakstu autors Latvijas nacionālā vēstures muzeja un "Lauku Avīzes" kopīgi izdotajā izdevumā "!00 Latvijas vēstures relikvijas" (2012). Tāpat viņš publicējis virkni zinātnisku un populārzinātnisku rakstu, kā arī recenzijas par citu arheologu darbiem izdevumos "Latvijas Vēstures muzeja raksti", "Latvijas ZA Vēstis" u.c.
Avotu saraksts novadpētniecības datu bāzē
Foto no Jāņa Cigļa personīgā arhīva